A Propos
Plateformes et centres ressources
Les équipements en chimie
Infectiologie
Les travaux des départements impliqués en infectiologie font appel aux approches de culture cellulaire, biologie moléculaire (PCR, séquençage, transfection, CRISPER Cas9), immunologie (ELISA, Western blot), biochimie (Expression, Protéine recombinante),… Les départements ont également accès aux plateformes de la Structure Fédérative de Recherche Bonamy (https://sfrsante.univ-nantes.fr/fr/plateformes) dont l’UR 1155 - IICiMed est membre.
Plateforme Fungiline Screen
La plateforme permet l'évaluation de nouveaux composés à visée antiparasitaire et/ou antifongique du fondamental à l’étape préclinique. La technique in vitro semi automatisée qui a été développée dans le laboratoire permet de trier rapidement les candidats-médicaments sur isolats sensibles et résistants. En parallèle, une évaluation de la toxicité in vitro sur lignées murine et humaine est réalisée afin de déterminer un index thérapeutique.
Ceci permet de sélectionner les composés pour les études in vivo (activité et toxicité) sur modèle de larves de Galleria mellonella et modèles rongeurs en lien avec l’UTE IRS2 (https://sfrsante.univ-nantes.fr/fr/plateformes). L’identification du mécanisme d’action des composés s’appuie sur une banque de mutants de levure et des approches immunobiochimiques. La diversité des espèces pathogènes dans l’évaluation est permise par la mise en place d'une biothèque (voir plus bas) regroupant un grand nombre de souches d'agents infectieux parasitaires, fongiques et bactériens.
Plateforme modélisation moléculaire
Elle donne accès à une série d'outils (modélisation par homologie, docking, analyse conformationnelle, calcul de paramètres physico-chimiques de molécules organiques, études QSAR-3D) permettant de construire, de visualiser (3D), d'analyser les interactions molécule-récepteur et d'aider à l'interprétation des relations structure-activité.
Les centres ressources
La chimiothèque
Le Groupement De Service (GDS) "Chimiothèque Nationale (CN)" a été créé en juillet 2003 par une convention entre le CNRS et 17 organismes d'enseignement supérieur et de recherche. La mission principale de la Chimiothèque Nationale est de fédérer les collections de produits de synthèse et d'extraits naturels existants dans les laboratoires publics français et d'en promouvoir la valorisation scientifique et industrielle. Notre laboratoire possède actuellement un statut d'«incubé». Actuellement plus de 900 composés sur les quelques 3000 synthétisés sont ainsi répertoriés selon des critères préalablement définis.
La biothèque
La biothèque de l’UR 1155 centralise le stockage et la gestion de souches d'agents infectieux et de lignées cellulaires conservées dans des conditions optimales. A cet effet, la biothèque dispose d'un système de stockage en azote liquide (-192 °C) et d'un stockage réfrigéré (4 °C et -80 °C). Les souches ou lignées conservées sont d'origines fongique, parasitaire, humaine ou murine. Elle conserve ainsi plus de 1700 isolats cliniques de fungi appartenant, par exemple, aux genres Candida, Aspergillus, Penicillium, Fusarium, aux mucorales, … Une banque de mutants de C. albicans est également conservée. Les souches parasitaires appartiennent à différentes espèces des genres Leishmania, Trypanosoma et Plasmodium. En ce qui concerne les lignées mammifères, elles concernent des lignées d'origine humaine : myélome (RPMI 8226, U26, NCI H929,...), leucémie myéloïde chronique (K562,...) ou d'origine murine : clone lymphocytaire (CTLL-2,...), fibroblastes (WEHI, MRC-5, ...), macrophages (RAW264.7).